Aastate jooksul on inimsusvastase kuriteo paragrahvi alusel saadetud Eesti kohtutesse kokku 12 kriminaalasja ning kohtud on neis süüdi mõistnud 11 isikut:
- 1949. a märtsiküüditamises 8 isikut (J. Klaassepp, V. Beskov, M. Neverovski, V. Loginov ja J. Karpov, A. Kolk, V. Kask ja P. Kislõi);
- metsavendade tapmises 3 isikut (K.-L. Paulov, V. Penart ja R. Tuvi);
- mitte ühtegi inimsusvastase kuriteo süüdistusega kohtu alla antud isikut ei ole õigeks mõistetud.
Kohtulahendid
Üks esimesi inimsusvastase kuriteo paragrahvi alusel algatatud kriminaalasju Kaitsepolitseiametis oli 1995. a jaanuaris alustatud märtsiküüditamise uurimine. 25.–29. märtsini 1949. a viidi NSV Liidu RJM-i ja Siseministeeriumi (SM) ühisoperatsiooni Priboi (Murdlaine) tulemusena Eestist Siberisse rohkem kui 20 000 inimest. Märtsiküüditamise uurimisel jõuti esimese kohtulahendini 22.01.1999, kui Lääne Maakohus mõistis endise ENSV RJM-i Läänemaa osakonna operatiivvoliniku Johannes Klaasseppa (1921) süüdi 23 inimese väljasaatmises ning 9 inimese väljasaatmise katses 1949. a Läänemaalt, karistades teda 8-aastase vangistusega tingimisi 2-aastase katseajaga. Tallinna Ringkonnakohus rahuldas J. Klaassepa apellatsioonkaebuse osaliselt, lugedes tõendatuks 15 isiku deporteerimise ja 2 isiku deporteerimise katse, kuid jättis karistuse muutmata.
10.03.1999 mõistis Pärnu Maakohus süüdi endise ENSV RJM-i Pärnumaa operatiivvoliniku Vassili Beskov’i (1918), keda karistati 7 perekonna (21 isiku) väljasaatmise ja 2 perekonna väljasaatmise katse eest tingimisi 2-aastase vanglakaristusega 3-aastase katseajaga.
30.07.1999 mõisteti Pärnu Maakohtus endine ENSV RJM-i Pärnumaa operatiivvolinik Mihhail Neverovski (1920–2000) süüdi 75 perekonna ehk 278 inimese kindlakstegemises, kes seejärel küüditati. Otsuse järgi osales M. Neverovski isiklikult 8 isiku deporteerimisel ja 2 isiku deporteerimise katses ning talle määrati karistuseks 4-aastane vanglakaristus. Tallinna Ringkonnakohus vabastas mehe reaalsest vanglakaristusest, asendades selle 01.11.1999 4-aastase tingimisi vanglakaristusega 3-aastase katseajaga.
17.03.1999 luges Järva Maakohus 1949. a Järvamaal küüditamises osalenud endise ENSV RJM-i Järvamaa operatiivvoliniku Vladimir Loginovi (1924–2001) süü inimsusvastastes kuritegudes (16 isiku deporteerimine) tõendatuks ja lõpetas kriminaalasja. V. Loginov suunati kohtu otsusega psühhiaatriahaiglasse sundravile kuni tema tervenemiseni.
31.10.2002 mõistis Tallinna Linnakohus endise ENSV RJM-i Harjumaa vanemoperatiivvoliniku Juri Karpov (1921) süüdi 40 isiku deporteerimises ja 20 isiku deporteerimise katses. J. Karpovi apellatsioonkaebust Tallinna Ringkonnakohus 19.12.2002 ei rahuldanud ning jättis Tallinna Linnakohtu otsuse jõusse. Riigikohus ei andnud 05.03.2003 J. Karpovi kassatsioonkaebusele menetlusluba, millega ühtlasi jõustus Tallinna Linnakohtu otsus karistada J. Karpovit 8-aastase vangistusega, mida aga ei pöörata täitmisele, kui ta ei pane 3 aasta jooksul tahtlikult toime uut kuritegu.
10.10.2003 mõisteti Saare Maakohtus Saaremaal märtsis 1949 toimunud küüditamises süüdi August Kolk ja Pjotr Kislõi ning karistati neid inimsusvastase kuriteo toimepanemise eest 8-aastase vangistusega 3-aastase katseajaga. Nii Tallinna Ringkonnakohus 27.01.2004 kui ka Riigikohus 21.04.2004 jätsid A. Kolgi ja P. Kislõi poolt edasikaevatud otsuse muutmata kujul jõusse. Euroopa Inimõiguste Kohus ei võtnud 17.01.2006 nende kaebust Eesti Vabariigi vastu menetlusse.
07.11.2006 mõistis Saare Maakohus inimsusvastases kuriteos süüdi Vladimir Kase ja karistas teda tingimisi 8-aastase vangistusega 3-aastase katseajaga.
1998. a lõpus alustas kaitsepolitsei kriminaalasja endise ENSV RJM-i mõrvaragendi Karl-Leonhard Paulovi (1924–2002) tegevuse uurimiseks. Eeluurimise tulemusena selgus, et Nõukogude julgeolekuorganite agendina tappis K.-L. Paulov Võrumaal Veriora vallas 18.10.1945 metsavenna Aleksander Sibula ja 27.10.1946 metsavennad Alfred Pärli ja Aksel Pärli. Kohtuprotsessi ajal kvalifitseeris Põlva Maakohus K.-L. Paulovi teo ümber tahtlikuks tapmiseks omakasu ajendil. Tartu Ringkonnakohus jättis otsuse muutmata, kuid Riigikohus tühistas 21.03.2000 Põlva Maakohtu ja Tartu Ringkonnakohtu otsused ja saatis asja uuesti arutamiseks Põlva Maakohtusse teises kohtukoosseisus. 29.07.2000 mõistis Põlva Maakohus K.-L. Paulovi süüdi inimsusvastases kuriteos ja karistas teda 8-aastase vabadusekaotusega kinnises vanglas. Tartu Ringkonnakohus jättis 05.10.2000 Põlva Maakohtu otsuse muutmata ning Riigikohtu loakogu ei andnud kassatsioonkaebusele menetlusluba – seega jõustus 8-aastane reaalne vanglakaristus. See on olnud ka ainus kord, kui Eesti kohtud on karistanud inimsusvastase kuriteo sooritanud isikut reaalse vangistusega. K.-L. Paulov suri 06.02.2002. a Murru vanglas karistust kandes vanadusest tingitud haigusesse.
Teises metsavendade tapmist käsitlenud kriminaalasjas mõistis Tartu Ringkonnakohus 02.09.2003 endise ENSV SM Elva rajooniosakonna ülema Vladimir Penarti (1925) ja tema mõrvaragendi Rudolf Tuvi (1925–2008) süüdi metsavendade Oskar Rumm’i, Vendo Saks’i ja Paul Miks’i tapmises 1953–1954 Elvas. Riigikohus jättis 18.12.2003 V. Penarti kassatsioonkaebuse rahuldamata. V. Penart esitas 29.03.2004 Euroopa Inimõiguste Kohtule kaebuse Eesti Vabariigi vastu, kuid kohus keeldus kaebust menetlusse võtmast, motiveerides otsust põhjalikult.
Sama aasta suvel esitasid Euroopa Inimõiguste Kohtule kaebuse Eesti Vabariigi vastu ka 1949. a Saaremaal toimunud küüditamises süüdi mõistetud August Kolk ja Pjotr Kislõi. Seejuures oli kaebuste sisu ning kohtu juriidiline põhjendus mõlemas asjas identne.
Kaebuse esitanud rõhutasid, et kriminaalõiguse põhimõtete järgi ei karistata isikut teo eest, mis ei olnud kuritegu teo toimepanemise ajal kehtinud õiguse kohaselt. Seevastu Euroopa Inimõiguste Kohus kinnitas oma otsustes 17.01.2006 ja 24.01.2006, et tsiviilelanike tapmine ja küüditamine tunnistati inimsusvastaseks kuriteoks juba 1945. a Nürnbergi tribunali harta artiklis 6c. Sisuliselt võrdsustas Euroopa Inimõiguste Kohus oma otsuses kommunismi- ja natsikuriteod, kinnitades, et nende suhtes kehtivad samad rahvusvahelised põhimõtted ja õigusallikad. Kohus jõudis seisukohale, et isegi kui V. Penarti, A. Kolgi ja P. Kislõi tegusid peeti Nõukogude õiguse kohaselt „seaduslikeks”, olid need siiski inimsusvastased kuriteod rahvusvahelise õiguse järgi. Lisaks märkis kohus, et Eesti oli 1940–1941 ja 1944–1991 vägivaldselt Nõukogude Liidu poolt okupeeritud ning totalitaarne okupatsioonirežiim viis selle aja jooksul läbi laiaulatuslikud ja süstemaatilised repressioonid Eesti rahva suhtes.