Kaitsepolitseiametit juhib peadirektor. Alates juunist 2023 on Kaitsepolitseiameti peadirektor Margo Palloson. Peadirektori ülesanded on kirjeldatud Kaitsepolitseiameti põhimääruse § 10.
Kaitsepolitsei peadirektoril on kolm asetäitjat: Taavi Narits, Andres Ratassepp ja Martin Perling.
Ametil on kolm regionaalset osakonda:
- Lõuna osakond (teeninduspiirkond: Valga-, Võru-, Viljandi-, Tartu-, Jõgeva- ja Põlvamaa). Lõuna osakonna direktor on Jaanus Kann.
- Virumaa osakond (teeninduspiirkond: Lääne-Viru ja Ida-Viru maakond). Virumaa osakonna direktor on Tarmo Tammiste.
- Lääne osakond (teeninduspiirkond: Hiiu-, Saare-, Lääne-, Järva-, Rapla- ja Pärnumaa). Lääne osakonna direktor on Veiko Germann.
Ameti muu struktuuri kehtestab siseminister määrusega.
Kaitsepolitseiameti täpsem struktuur on salastatud Vabariigi Valitsuse 20. detsembri 2007. a määruse nr 262 «Riigisaladuse ja salastatud välisteabe kaitse kord» § 7 lõike 6 punkti 1 alusel.