Eesti kohtutes on inimsusevastastes kuritegudes süüdi mõistetud 11 isikut:
- 1949. a märtsiküüditamises 8 isikut (J. Klaassepp, V. Beskov, M. Neverovski, V. Loginov ja J. Karpov, A. Kolk, V. Kask ja P. Kislõi);
- metsavendade tapmises 3 isikut (K.-L. Paulov, V. Penart ja R. Tuvi);
- mitte ühtegi inimsusvastase kuriteo süüdistusega kohtu alla antud isikut ei ole õigeks mõistetud. Mitmed kriminaalasjad on lõpetatud tervislikel põhjustel (kahtlustatava surm või ravimatu haigus).
Kriminaalasjad
Esimese Nõukogude okupatsiooni ajal (1940–1941) toimepandud kuritegude toimepanemise eest esitati süüdistus Eesti NSV Siseasjade rahvakomissariaadi (NKVD) Saaremaa osakonna ülema Vassili Riisile (1910–1998) ja ENSV NKVD uurimisosakonna ülemale Idel Jakobsonile (1904–1997). V. Riisi oli 1940-41 andnud oma kirjaliku nõusoleku 1062 Eesti Vabariigi kodaniku arreteerimiseks või küüditamiseks. 1996. aastal saadeti kriminaalasi Saare maakohtusse, kuid kohtualuse tervise halvenemise tõttu protsess peatati. Kriminaalasi lõpetati 1998 V. Riisi surma tõttu. I. Jakobsoni tegevuse kohta kogutud tõendite põhjal oli alus teda kahtlustada vähemalt 1800 isiku represseerimises. Sealhulgas vähemalt 621 isiku puhul kinnitas ta oma allkirjaga ettepaneku kohaldada nende suhtes kohtuvälise karistusena surmanuhtlust. 1940-ndate aastate kuritegeliku repressiivorgani juhtivkoosseisu viimane elusolev ja ilmselt veriseima minevikuga liige Idel Jakobson suri enne kohtuprotsessi algust 1997. aastal.
Natsi-Saksamaa okupatsiooni (1941-44) aegsete inimsusvastaste kuritegude uurimisel tuli arvestada sellega, et neid uurisid põhjalikult juba Nõukogude Liidu julgeolekuorganid. Kohe pärast Eesti okupeerimist 1944. aasta sügisel asusid nad arreteerima isikuid, kes olid teeninud Saksa armees või omasid mingitki puutumust tollaste okupatsioonivõimudega. Nende massivahistamiste käigus mõisteti reaalne vanglakaristus tuhandetele inimestele. Kuigi väga paljusid karistati alusetult, mida tõestavad hilisemad arvukad rehabiliteerimised, mõisteti süüdi ka sellised isikud, kes olid toime pannud rahvusvahelise õiguse vastaseid kuritegusid. Kaitsepolitsei poolt uuritud kriminaalasjadest tasub äramärkimist Harry Männili (1920-2010) Saksa okupatsiooni aegse tegevuse uurimine. Uurimisega tuvastati, et H. Männil kuulas 1941-42 poliitilise politsei assistendina töötades üle 7 isikut, kuid tõendamist ei leidnud, et ta oleks osalenud nende isikute tapmises, piinamises või muudes vägivallategudes nende suhtes. Seetõttu 2005. aastal kriminaalasi lõpetati.
Üks ulatuslikumaid Kaitsepolitseiametis uuritavaid kuritegusid on 1949. aasta märtsiküüditamine. 25.–29. märtsil 1949 saatsid NSV Liidu okupatsioonivõimud Eestist välja ja asustasid sunniviisiliselt ümber Siberisse rohkem kui 20 000 tsiviilisikut. Kaitsepolitsei alustas selle sündmuse uurimiseks kriminaalasja esimesel võimalusel 1995. aasta jaanuaris. Esimese kohtulahendini jõuti 22.01.1999, kui Lääne Maakohus mõistis endise ENSV Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi (RJM) Läänemaa osakonna operatiivvoliniku Johannes Klaasseppa (1921) süüdi 23 inimese ehk 8 perekonna väljasaatmises ning 9 inimese ehk 2 perekonna väljasaatmise katses, karistades teda 8-aastase vangistusega tingimisi 2-aastase katseajaga. Tallinna Ringkonnakohus rahuldas J. Klaassepa apellatsioonkaebuse osaliselt, lugedes tõendatuks 15 isiku deporteerimise ja 2 isiku deporteerimise katse, kuid jättis karistuse muutmata.
10.03.1999 mõistis Pärnu Maakohus süüdi endise ENSV RJM-i Pärnumaa osakonna operatiivvoliniku Vassili Beskovi (1918), keda karistati 21 isiku ehk 7 perekonna väljasaatmise eest tingimisi 8-aastase vanglakaristusega 3-aastase katseajaga. 30.07.1999 mõisteti Pärnu Maakohtus endine ENSV RJM-i Pärnumaa osakonna operatiivvolinik Mihhail Neverovski (1920) süüdi 75 perekonna ehk 278 inimese kindlakstegemises, kes seejärel küüditati. Otsuse järgi osales M. Neverovski isiklikult 8 isiku deporteerimisel ja 2 isiku deporteerimise katses ning talle määrati karistuseks 4-aastane reaalne vanglakaristus. Tallinna Ringkonnakohus vabastas mehe reaalsest vanglakaristusest, asendades selle 4-aastase tingimisi vanglakaristusega 3-aastase katseajaga. 17.03.1999 luges Järva Maakohus endise ENSV RJM-i Järvamaa osakonna operatiivvoliniku Vladimir Loginovi (1924) süü tõendatuks 14 isiku deporteerimises, kuid lõpetas kriminaalasja ja kohaldas talle meditsiinilise mõjutusvahendina paigutamise järelevalve alla psühhiaatriahaiglasse kuni tema tervenemiseni. 31.10.2002 mõistis Tallinna Linnakohus endise ENSV RJM-i Harjumaa osakonna vanemoperatiivvoliniku Juri Karpovi (1921) süüdi 40 isiku deporteerimises ja 20 isiku deporteerimise katses. J. Karpovi kaebust Tallinna Ringkonnakohus ja Riigikohus ei rahuldanud ning nii jõustus Tallinna Linnakohtu otsus karistada J. Karpovit inimsusvastase kuriteo eest 8-aastase vangistusega 3-aastase katseajaga.
Saaremaalt inimeste küüditamises esitati süüdistus 12 isikule. 2002 novembris algas Saare Maakohtus kohtuprotsess, mille tulemusel mõistis Saare maakohus 10.10.2003 August Kolki (1924) 38 isiku ja Pjotr Kislõi (ka Petr Kisly, 1921) 4 isiku küüditamises süüdi ja karistas neid inimsusvastaste kuritegude eest tingimisi 8-aastase vangistusega 3-aastase katseajaga. Tallinna Ringkonnakohus ja Riigikohus jätsid esimese kohtuastme süüdimõistva otsuse muutmata. Kolk ja Kislõi kaebasid Eesti riigi Euroopa Inimõiguste Kohtusse, kuid kohus ei võtnud 17.01.2006 nende kaebust menetlusse. 07.11.2006 mõistis Saare maakohus Vladimir Kaski (1926) 4 isiku küüditamises süüdi ja karistas teda tingimisi 8-aastase vangistusega 3-aastase katseajaga. Kask ei esitanud apellatsiooni. Teised süüdistatavad kas surid kriminaalmenetluse ajal või lõpetas kohus nende osas menetluse seoses nende halva tervisega.
2003. aastal tunnistati genotsiidis kahtlustavaks Arnold Meri (1919–2009). Küüditamise operatsiooni kõrgemal tasemel planeerinud ja juhtinud Eestimaa Kommunistliku (bolševike) Partei Keskkomitee ja Eesti NSV Ministrite Nõukogu volinikuna „kulakute“ ja „nõukogudevastaste elementide“ vabariigist väljasaatmist Hiiumaalt juhtinud A. Merit oli alus kahtlustada 261 inimese ehk 84 perekonna Siberisse küüditamises. A. Meri kohtuprotsess algas Kärdlas 20. mail 2008, kuid lükati süüdistava tervisele viidates edasi. 27.03.2009 suri viimane teadaolev Eestis küüditamist kõrgemal tasemel juhtinud isik.
Lisaks küüditamiste uurimisele on Kaitsepolitsei uurinud põhjalikult metsavendade tapmisi. Kohtu alla on antud nii Nõukogude julgeolekuorganite ohvitsere kui ka nende eriagente, kes mõrvasid okupatsioonivõimule relvastatud vastupanu osutanud või Punaarmee mobilisatsiooni eest end varjama asunud eesti mehi.
1998. aasta lõpus alustas kaitsepolitsei kriminaalasja endise ENSV RJM-i mõrvaragendi Karl-Leonhard Paulovi (1924–2002) tegevuse uurimiseks. Eeluurimise tulemusena selgus, et Nõukogude julgeolekuorganite agendina tappis K.-L. Paulov Võrumaal Veriora vallas 18.10.1945 metsavenna Aleksander Sibula ja 27.10.1946 metsavennad Alfred Pärli ja Aksel Pärli. Kohtuprotsessi ajal kvalifitseeris Põlva Maakohus K.-L. Paulovi teo ümber tahtlikuks tapmiseks omakasu ajendil. Tartu Ringkonnakohus jättis otsuse muutmata, kuid Riigikohus tühistas 21.03.2000 Põlva Maakohtu ja Tartu Ringkonnakohtu otsused ja saatis asja uuesti arutamiseks Põlva Maakohtusse teises kohtukoosseisus. 29.07.2000 mõistis Põlva Maakohus K.-L. Paulovi süüdi inimsusvastases kuriteos ja karistas teda 8-aastase vabadusekaotusega kinnises vanglas. Tartu Ringkonnakohus jättis 05.10.2000 Põlva Maakohtu otsuse muutmata ning Riigikohtu loakogu ei andnud kassatsioonkaebusele menetlusluba – seega jõustus 8-aastane reaalne vanglakaristus. See on olnud ka ainus kord, kui Eesti kohtud on karistanud inimsusvastase kuriteo sooritanud isikut reaalse vangistusega. K.-L. Paulov suri 06.02.2002. a Murru vanglas karistust kandes vanadusest tingitud haigusesse.
Teises metsavendade tapmist käsitlenud kriminaalasjas mõistis Tartu Ringkonnakohus 02.09.2003 endise ENSV SM Elva rajooniosakonna ülema Vladimir Penarti (1925) ja tema mõrvaragendi Rudolf Tuvi (1925) süüdi metsavendade Oskar Rummi, Vendo Saksi ja Paul Miksi tapmises 1953–1954 Elvas. Riigikohus jättis 18.12.2003 V. Penarti kassatsioonkaebuse rahuldamata. V. Penart esitas 29.03.2004 Euroopa Inimõiguste Kohtule kaebuse Eesti Vabariigi vastu, kuid kohus keeldus kaebust menetlusse võtmast, motiveerides otsust põhjalikult.
Sama aasta suvel esitasid Euroopa Inimõiguste Kohtule kaebuse Eesti Vabariigi vastu ka 1949. a Saaremaal toimunud küüditamises süüdi mõistetud August Kolk ja Pjotr Kislõi. Seejuures oli kaebuste sisu ning kohtu juriidiline põhjendus mõlemas asjas identne. Kaebustes rõhuti kriminaalõiguse põhimõttele, mille kohaselt ei karistata isikut teo eest, mis ei olnud kuritegu teo toimepanemise ajal kehtinud õiguse kohaselt. Kaebajate väitel kehtis Eestis kuritegude toimepanemise ajal Vene NFSV 1946. aasta kriminaalkoodeks, mis ei kehtestanud karistus inimsusevastase kuriteo eest. Kuna Eesti rahva küüditamine ja metsavendade jälitamine toimus NSV Liidu õiguse kohaselt, ei võinud kaebajad enda väitel teada, et nende tegevus on kriminaalne. Samuti väideti kaebustes, et kuna Nürnbergi tribunali harta oli loodud Saksa sõjakurjategijate karistamiseks II maailmasõja ajal toime pandud kuritegude eest, ei kehti see Nõukogude võimude poolt peale sõda toimepandud kuritegude suhtes.
Euroopa Inimõiguste Kohus kuulutas kõik kaebajate väited ilmselgelt põhjendamatuteks ja lükkas kaebuse tagasi. Kohus jõudis seisukohale, et isegi kui Penarti, Kolki ja Kislõi tegusid peeti nõukogude õiguse kohaselt „seaduslikeks“, olid need siiski inimsusevastased kuriteod rahvusvahelise õiguse järgi. Seega kinnitas Euroopa Inimõiguste Kohus esiteks selgesõnaliselt seda, et Eesti Vabariik oli 1940-1991 rahvusvahelise õiguse vastaselt NSV Liidu poolt okupeeritud ja vastupidised väited ei ole rahvusvahelisel tasandil tõsiselt võetavad. Just okupatsiooni pikaajaline kestmine oli põhjuseks, miks ei olnud võimalik varem kriminaalvastutusele võtta Eestis kommunistliku režiimi teenistuses rahvusvahelisi aegumatuid kuritegusid toime pannud isikuid. Teiseks võrdsustati selles otsuses kommunismi- ja natsikuriteod, kinnitades, et nende suhtes kehtivad samad rahvusvahelised põhimõtted ja õigusallikad. Kohus lükkas ümber kaebuse esitajate küünilised väited, nagu ei kehtiks tänapäevase rahvusvahelise õiguse üks põhilisi allikaid Nürnbergi tribunali põhimõtted II maailmasõja võitnud NSV Liidu suhtes ja justkui oleks võimalik õigustada kuritegude toimepanemist kuritegeliku režiimi õigussüsteemi „eripäraga“.