24. veebruaril 1918. a kuulutati Tallinnas välja Eesti Vabariik. Järgmisel päeval hõivasid linna Saksa väed ning algas üheksa kuud kestnud okupatsioon, mille lõppedes loovutasid sakslased Tallinnas võimu Eesti Ajutisele Valitsusele. Eesti politsei loodi 12. novembril 1918. a, kuid juba 28. novembril katkestasid Punaarmee kallaletung ja Vabadussõja puhkemine vast alanud ülesehituse. Sõja ajal olid poliitiliste kuritegude uurimine, luure ja vastuluure Kindralstaabi Valitsuse sõjaväe teadete kogumise osakonna ülesanneteks.
1919. a juulis kutsus Vabariigi Valitsus kokku komisjoni, mis asus koostama riigikorravastaste kuritegudega tegeleva õiguskaitseasutuse projekti. Algselt Kohtuministeeriumi alluvusse planeeritud kaitsepolitsei määrati 1920. a jaanuaris hoopis Siseministeeriumi haldusalasse. Kaitsepolitsei tegevuse seadustas 12.04.1920 peaminister Jaan Tõnissoni ja siseminister Aleksander Hellati allkirjastatud Eesti Vabariigi kaitsepolitsei korraldus. Peamiseks ülesandeks seati demokraatliku vabariigi ja kehtiva riigikorra kukutamisele suunatud kuritegude vastu võitlemine.
Iga aasta 12. aprillil tähistab Kaitsepolitseiamet oma tegevuse aastapäeva.
Tegelikku tööd alustas kaitsepolitsei 1. mail 1920. a, mil Tallinnas avati Kaitsepolitsei Peavalitsuse kantselei. Kaitsepolitsei esimeseks ülemaks määrati kapten Helmut Veem, kes varem oli töötanud Kindralstaabi Valitsuses. Sama aasta suvel jõuti ka maakonnakeskustes paiknevate kaitsepolitsei jaoskondade avamiseni. Kuna meeskonna komplekteerimisega tuli alustada peaaegu nullist, moodustasid isikkoosseisu valdavas enamikus sõjaväelased.
21. veebruaril 1921. a nimetati Kaitsepolitsei Peavalitsuse ülemaks Eduard Alver, kes varem oli juhtinud Politsei Peavalitsust. Temagi ametiaeg kujunes lühikeseks, juba sama aasta 5. oktoobril määrati uueks juhiks Siseministeeriumis töötanud juristiharidusega Eduard Lensin.
1924. aastal, kui õiguskaitseorganite tugevdamiseks politseiasutused ühendati, määrati kaitsepolitsei eraldi seisva osakonnana Politsei Peavalitsuse alluvusse, kuhu see jäi kuni likvideerimiseni 1940. aastal. 1925. aastast alates kandis kaitsepolitsei nimetust poliitiline politsei ning selle komissarid kohtadel allusid Politsei Peavalitsuse abidirektorile ja tema alluvuses olevale poliitilise politsei inspektori aparaadile. Poliitilise Politsei komissarile kohtadel allusid abikomissar ning ametnikud: vanemassistendid, assistendid, vanemagendid ja agendid. Oma tegevuses arendas poliitiline politsei koostööd kriminaalpolitsei, teiste riigiasutuste ning välisriikide (eriti Inglismaa ja Soome) teenistustega.
Teenekaimaks kaitsepolitsei ülemaks kujunes Johan Sooman, kes juhtis ameti tegevust 15 aastat - 1923. aasta algusest kuni 1938. aastani, mil ta edutati kogu riigi politseijuhiks. Pärast teda asus poliitilise politsei etteotsa Politseitalituse abidirektor Konstantin Kirsimägi, kes jäi ametisse kuni arreteerimiseni 1940. a juunis.
Aastatel 1920-1940 võitles kaitsepolitsei kuritegevusega järgmistes valdkondades:
- vasakäärmuslikult meelestatud isikute ja organisatsioonide riigikorravastane õõnestustegevus;
- paremäärmuslikult meelestatud isikute ja organisatsioonide riigikorravastane õõnestustegevus;
- välisriikide spionaaž;
- desertöörlus;
- salakaubavedu;
- terrorism,
- muud tõsisemad kuriteod.
Kahtlemata andis kaitsepolitseile enim tööd kommunistlik liikumine. Läbi kogu esimese iseseisvusaja mobiliseerisid Nõukogude valitsus, Vene bolševike partei ja Komintern Eesti vastu ulatuslikke finants- ja inimressursse ning rakendasid mitmesuguseid õõnestustegevuse viise. Levitati kommunistlikku propagandat, organiseeriti streike ja meeleavaldusi ning kasutades altkäemaksu ja väljapressimist imbuti sisse ühendustesse ja organisatsioonidesse. Paralleelselt seaduslike ja poolseaduslike vahenditega organiseerisid kommunistid illegaalseid „löögirühmi", mille eesmärgiks oli Eesti demokraatliku riigivõimu kukutamine.
Kaitsepolitsei tegevuse tulemusena anti aastatel 1920-1925 kohtute ja sõjakohtute alla sadu isikuid, keda süüdistati kommunistlikus tegevuses. 1. detsembril 1924. a korraldasid kommunistid relvastatud mässu võimu haaramiseks Eestis. Vahejuhtum läks Nõukogude Liidule kalliks maksma, sest riigipöördekatse mahasurumise käigus langes Tallinnas 125 mässajat, lisaks vahistati hiljem veel üle 500 inimese. Järgnenud kohtuprotsessid ja mitme põrandaaluse trükikoja sulgemine nõrgestas kommunistlikku liikumist tunduvalt.
Pärast nn massiprotsesside perioodi lõppemist võttis kaitsepolitsei juht Johan Sooman suuna poliitiliste kuritegude ennetamisele, mis tulevikus välistaks riigipöördekatsete kordumise. Ajavahemikus 1930-1933 kasvas kiiresti spionaaži eest arreteeritute arv, tippaastal 1933 avastas politsei 23 spionaažijuhtu ja vangistas 51 oletatavat spiooni. Muudatusi tehti ka kaitsepolitsei isikkoosseisus, et süvendada rahuaja tingimustele ja demokraatlikule riigile omaseid töömeetodeid ja võita avaliku arvamuse poolehoidu.
Peale kommunistide kuulusid kaitsepolitsei huviorbiiti ka paremäärmuslikud saksa natsionaalsotsialistliku suunitlusega ja vene äärmuslik-monarhistlikud organisatsioonid. Paremäärmuslusest lähtuvaks ohuks peeti ka Eesti Vabadussõjalaste Liidu ehk vapside tegevust. Johan Laidoneri korraldusel suleti 22. märtsil 1934. a see liit koos kõigi osakondadega. 1935. a lõpul avastas poliitiline politsei vapside mässukava, mille tulemusena olulisemad liikumise juhid vangistati.
Pärast Eesti okupeerimist Nõukogude Liidu vägede poolt 17. juunil 1940 ning sellele järgnenud riigipööret oli poliitiline politsei esimesi ametiasutusi, mis täies koosseisus otsekohe repressioonide alla langes. Nõukogude võimu esimestel päevadel vahistati Politseitalituse direktor Johan Sooman ning teised juhid, sh Politseitalituse abidirektor, poliitilise politsei inspektor, Tallinna jaoskonna komissar. Nagu Leedu ja Läti politseijuhtidki toimetati nad vangistusse Moskvasse või mõrvati kohapeal, kusjuures osa meeste täpne saatus on tänaseni teadmata. Ka poliitilise politsei reakoosseisu suhtes rakendati samasugust hävituspoliitikat: viimased veel vabadusse jäänud töötajad arreteeriti ning saadeti Siberi vangilaagritesse 1941. a juuniküüditamise käigus. Nii hukkus juba enne Teise maailmasõja lõppemist umbes 90% endistest kaitsepolitseinikest. Samamoodi represseeriti ka nende perekonnad.
Nõukogude võimu aastatel 1940-1941 ja 1944-1991 süüdistas okupatsioonirežiim Eesti Vabariigi kaitsepolitseid isikute tagakiusamises nende poliitiliste vaadete pärast ning eriti kommunistide vangistamises. Siinkohal tuleb aga arvestada, et kaitsepolitsei lähtus iseseisva Eesti Vabariigi tolleaegsetest seadustest ning oli tegev vaid juurdlustes ja kuritegude tõendamisel, süüdi mõistis kurjategijaid kohus.